Siseauditi osakond auditeerib riskipõhiselt kõiki allüksusi. Auditite aruanded esitatakse panga nõukogule ja presidendile. Samuti aitab osakond ette valmistada ja Eesti Pangas läbi viia Euroopa Keskpankade Süsteemi korraldatavaid auditeid.
Siseauditi osakond lähtub oma töös Euroopa Keskpankade Süsteemis kokku lepitud auditi põhimõtetest. Loe põhimõtetest lähemalt (inglise keeles)
Siseauditi osakonna juhataja on Henn Oit. Peale tema on osakonnas viis töötajat.